據(jù)《康熙湄潭縣志》載：“明萬歷二十八年（公元1600年），播平建縣，以關(guān)外四牌地置湄潭縣，卜治于苦竹壩而城之”，“東有江水流轉(zhuǎn)至縣之主脈玉屏山北，環(huán)繞縣城，轉(zhuǎn)西至南，有湄水橋之水顛倒流合，匯為深淵，彎環(huán)如眉，故曰湄潭。”

隋大業(yè)十一年（615年），招慰置義泉縣，以帶山泉為名，隸明陽郡。大業(yè)十二年（616年）新置牢州，州治設(shè)于義泉縣，領(lǐng)二縣。

唐武德二年（619年），廢牢州，置義州，治所仍設(shè)于義泉，領(lǐng)義泉等五縣。武德四年（621年），義州改稱智州。至貞觀五年（631年），智州領(lǐng)屬義泉等九縣，貞觀十一年（637年），智州復稱牢州。貞觀十七年（643年），廢牢州，義泉拔隸夷州。天寶元年（742年）夷州改稱義泉郡，移治于義泉，稱夷州義泉郡。乾元元年（758年），該郡復稱夷州，州治復遷綏陽（今鳳岡綏陽場）。此后，義泉不復為州郡治所，義泉縣隸屬夷州。

五代十國時期，黔州都督府所領(lǐng)五縣為楚蜀相爭，夷州及其所領(lǐng)之義泉等五縣，實行土官自治。

北宋太平興國三年（978年），夷州因土官任朗政入朝歸附，朝廷令其為“羈縻夷州”。大觀二年（1108年），夷州廢，次年以地置承州，統(tǒng)領(lǐng)義泉等五縣。

元代，置錫樂平等處、容山蠻夷長官司，屬播州軍民安撫司。

明洪武初年，置容山長官司，屬播州宣慰司。明萬歷二十九年（1601年），平定播州之亂，改土歸流，分播州為二，以茶山關(guān)、渡上關(guān)、大小板角關(guān)、苦竹關(guān)、青龍關(guān)為界，關(guān)外屬黔，設(shè)平越軍民府，領(lǐng)黃平及余慶、甕安、湄潭、安化四縣。湄潭縣正式成立，黃家桂首任知縣。

清順治十六年（1659年），湄潭縣歸入清廷，仍隸平越軍民府。康熙二十年（1681年），湄潭隸屬貴州省分守貴東道平越軍民府。次年，道廢。二十六年（1687年），改稱平越府。嘉慶三年（1798年），改為平越直隸州，直至清末，湄潭縣皆為其屬縣之一。惟同治元年至七年（1862年至1868年），為鎮(zhèn)壓號軍之便，將湄潭暫隸遵義府。

民國二年（1913年），廢府州建置后，湄潭縣屬貴州黔中道。九年（1920年），廢道后直屬于省。二十四年（1935年），屬貴州省第六行政督察區(qū)，次年改屬第五行政督察區(qū)。

1949年，屬遵義專區(qū)。1958年12月，鳳岡縣、余慶縣并入，1961年8月復將鳳岡縣、余慶縣分出歸屬遵義市。

2000年，湄潭縣轄9個鎮(zhèn)、6個鄉(xiāng)。2003年，湄潭縣轄9個鎮(zhèn)、6個鄉(xiāng)，120個村委會、18個居委會。9個鎮(zhèn)為湄江鎮(zhèn)、永興鎮(zhèn)、復興鎮(zhèn)、馬山鎮(zhèn)、魚泉鎮(zhèn)、黃家壩鎮(zhèn)、高臺鎮(zhèn)、茅坪鎮(zhèn)、興隆鎮(zhèn)。6個鄉(xiāng)為西河鄉(xiāng)、洗馬鄉(xiāng)、新南鄉(xiāng)、石蓮鄉(xiāng)、抄樂鄉(xiāng)、天城鄉(xiāng)。

2013年12月31日，湄潭縣包括新南、抄樂、天城、洗馬、西河在內(nèi)的6個鄉(xiāng)撤鄉(xiāng)設(shè)鎮(zhèn)工作全部結(jié)束，全縣9鎮(zhèn)6鄉(xiāng)變?yōu)?5個鎮(zhèn)。分別為湄江鎮(zhèn)、永興鎮(zhèn)、復興鎮(zhèn)、馬山鎮(zhèn)、魚泉鎮(zhèn)、黃家壩鎮(zhèn)、高臺鎮(zhèn)、茅坪鎮(zhèn)、興隆鎮(zhèn)、西河鎮(zhèn)、洗馬鎮(zhèn)、新南鎮(zhèn)、石蓮鎮(zhèn)、抄樂鎮(zhèn)、天城鎮(zhèn)共15個鎮(zhèn)。